РЕЗУЛЬТАТЫ АНАЛИЗА СОСТАВА МИКРОФЛОРЫ РУБЦА КОРОВ ПОД ВЛИЯНИЕМ ПРОБИОТИКА МЕТОДОМ NGS-СЕКВЕНИРОВАНИЯ.
Цель исследования – изучение влияния пробиотика «Профорт-Т» на состав микробиома рубца дойных коров методом NGS-секвенирования, продуктивность и гематологические показатели сыворотки крови животных. Эксперимент проводили на коровах черно-пестрой породы в тече-ние 60 сут. Были сформированы группы-аналоги по 20 голов каждая: контрольная I (получавшая основной рацион (ОР)) и опытная II (получавшая ОР и пробиотик «Профорт-Т»). ОР состоял: из силоса – 42,26 кг; сена – 1,97; комбикорма – 14,67 кг; соли, мела, соды. Коровы опытной группы II получали пробиотик «Профорт-Т» из расчета 0,03 кг на 1 голову со дня поступления в ново-тельную группу. Кормовая добавка раздавалась вручную каждой голове опытной группы II в но-вотельный период и частично в раздой. Животные находились в одинаковых условиях содержа-ния. Содержание животных – привязное. Бактериальное сообщество рубца оценивали методом NGS-секвенирования на секвенаторе MiSeq (Illumina, Inc., США). Применение пробиотика (опыт-ная группа II) позволило увеличить среднесуточные надои от 14,9 до 22,0 % по сравнению с кон-тролем (P ≤ 0,05) и снизить содержание соматических клеток в молоке коров от 21,6 до 33,5 % (P ≤ 0,05). Проведение NGS-секвенирования продемонстрировало, что в составе микрофлоры рубца исследованных коров был обнаружен 21 филум микроорганизмов. Наиболее представлен-ными (P ≤ 0,05) в рубце были бактерии филума Bacteroidetes – от 46,6 ± 4,48 до 58,1 ± 5,52 %. Доля целлюлозолитических бактерий Candidatus Saccharibacteria увеличивалась в опытной груп-пе II в конце эксперимента по сравнению с контролем в 1,9 раза (P ≤ 0,05). Микроорганизмы Proteobacteria и Fusobacteria снижались в опытной группе II по сравнению с контролем в 5,7 и 1,8 раза соответственно (P ≤ 0,05), т. е. применение пробиотика «Профорт-Т» привело к улучше-нию структуры микробного сообщества рубца коров.
Ключевые слова: микробиом, рубец, NGS-секвенирование, Профорт-Т, высокопродуктивные коровыANALYSIS RESULTS OF COW RUMEN MICROFLORA COMPOSITION UNDER THE PROBIOTICS INFLUENCE BY NGS SEQUENCING METHOD
The purpose of research is to study the effect of the probiotic Profort-T on the composition of the rumen microbiome of dairy cows using NGS sequencing, productivity and hematological parameters of the ani-mals' blood serum. The experiment was carried out on black-and-white cows for 60 days. Analogue groups of 20 animals each were formed: control group I (received the basic diet (BD)) and experimental group II (received the BD diet and the Profort-T probiotic). The BD consisted of: silage – 42.26 kg; hay – 1.97; mixed feed – 14.67 kg; salt, chalk, soda. The cows of experimental group II received the probiotic Profort-T at the rate of 0.03 kg per 1 head from the day of admission to the new calving group. The feed additive was distributed manually to each head of experimental group II during the new calving period and partially during milking. The animals were kept under the same conditions. Animals are kept in tethered conditions. The rumen bacterial community was assessed by NGS sequencing using a MiSeq sequencer (Illumina, Inc., USA). The use of a probiotic (experimental group II) made it possible to increase the average daily milk yield from 14.9 to 22.0 % compared to the control (P ≤ 0.05) and reduce the content of somatic cells in cows’ milk from 21.6 to 33.5 % (P ≤ 0.05). NGS sequencing demonstrated that 21 phyla of microorga-nisms were found in the rumen microflora of the studied cows. The most represented (P ≤ 0.05) bacteria in the rumen were bacteria of the phylum Bacteroidetes – from 46.6 ± 4.48 to 58.1 ± 5.52 %. The proportion of cellulolytic bacteria Candidatus Saccharibacteria increased in experimental group II at the end of the experiment compared to the control by 1.9 times (P ≤ 0.05). Microorganisms Proteobacteria and Fusobacteria decreased in experimental group II compared to the control by 5.7 and 1.8 times, respectively (P ≤ 0.05), i.e. the use of the Profort-T probiotic led to an improvement in the structure of the microbial com-munity of the cow rumen.
Keywords: microbiome, rumen, NGS sequencing, Profort-T, highly productive cows
For citation: Analysis results of cow rumen microflora composition under the probiotics influence by NGS sequencing method / E.A. Yildirim [et al.] // Bulliten KrasSAU. 2024;(1): 108–118. (In Russ.).
Acknowledgments: the work has been carried out within the framework of the state task with the fi-nancial support of the Ministry of Agriculture of the Russian Federation № 1022041400153-7-2.8.1.
